所在地：福島県南相馬市原町区

原町別院は、1880（明治13）年、行方郡原町村（現南相馬市）に本山直属の説教所が設けられたことがはじまりである。

江戸時代の寛政年間（1789～1801）に相馬藩は、天明の大飢饉により人口が激減し深刻な財政難となったため、北陸地方や越後から組織的な移住が行われた。
その大半が真宗門徒であり、その移民政策と関わりを持つ相馬正西寺、常福寺（本願寺派）に帰属する北陸門徒が挙げて崇敬し、説教所設置から2年後に仙台別院（現東北別院）の支院となった。

1888（明治21）年には、初めて本格的な本堂が現在地に建立され、1902（明治35）年に原町別院となる。
太平洋戦争後は、農地解放により財政基盤であった田畑を全て失い、50年程は創建時門徒だけでの維持が続き、建物は老朽化が進み、別院維持は大変困難な状況であった。

その後、地道な教化活動が実を結び内陣の修復が行われ、1988（昭和63）年には本堂建立百周年記念法要勤修、1992（平成4）年には本堂屋根の全面修復が行われ、現在に至る。